Pada tahun 2004, mahasiswa Jurusan Teknik Manajemen Industri (TMI) dibagi menjadi dua konsentrasi, yaitu Teknik Manajemen Industri dan Sistem Informasi. Perbedaan kurikulum antara kedua konsentrasi ini menimbulkan kebutuhan akan sebuah wadah yang dapat menampung aspirasi serta mengembangkan bakat mahasiswa Sistem Informasi. Dari sinilah muncul ide untuk membentuk sebuah himpunan mahasiswa khusus bagi mahasiswa Sistem Informasi.
Gagasan ini mulai direalisasikan pada Rabu, 9 Januari 2008, ketika Ridwan Widodo (Mahasiswa SI 2004) bersama mahasiswa SI 2005 dan 2006 mengadakan pertemuan untuk membahas pembentukan himpunan. Selanjutnya, pada Selasa, 15 Januari 2008, tim membentuk dan mengajukan proposal pembentukan HMSII serta merencanakan Musyawarah Besar (MUBES) HMSII.
Dalam upaya memperkuat dasar organisasi, pada Kamis, 24 Januari 2008, tim pembentukan HMSII melakukan riset ke beberapa kampus lain untuk mencari referensi terkait Anggaran Dasar/Anggaran Rumah Tangga (AD/ART), struktur organisasi, dan program kerja yang akan diterapkan. Hingga Jumat, 2 Mei 2008, persiapan telah mencapai 85%.
Setelah berbagai usaha yang dilakukan oleh Steering Committee (SC), tim pembentukan, serta panitia MUBES, akhirnya pada Senin, 16 Juni 2008, proposal pembentukan HMSII disetujui dan mendapat dukungan penuh dari pihak kampus, termasuk Puket I, Kepala Jurusan SI, serta para dosen Sistem Informasi. Kemudian, pada Jumat, 27 Juni 2008, Kepala Jurusan SI secara resmi membuka sidang MUBES HMSII.
Pada hari yang sama, hasil MUBES menetapkan Hafiz dan Purnomo dari angkatan 2007 sebagai Ketua dan Wakil Ketua HMSII periode 2008/2009. Namun, seiring berjalannya waktu, terjadi reshuffle kabinet untuk menyesuaikan kebutuhan organisasi dan memastikan keberlangsungan kepemimpinan yang lebih efektif.